Годы Великой Отечественной войны
Вся многообразная деятельность отдела была внезапно прервана началом Великой Отечественной войны.
Первой неотложной задачей коллектива отдела стала защита фондов от налётов вражеской авиации. В первые же дни войны рукописи были перенесены из старого Пашкова Дома в цокольный этаж нового 18-ярусного книгохранилища. Читальный зал отдела закрылся. В течение июля 1941 года все сотрудники отдела занимались работой по отбору и упаковке рукописей для эвакуации в глубокий тыл.
В конце июля 1941 года в сопровождении главного хранителя отдела Л. В. Сафроновой отобранные материалы были увезены из Москвы. В ноябре была эвакуирована вторая партия рукописных книг и архивных фондов. К началу 1942 года в Москве оставалось не более 10% всех фондов: необработанные архивы некоторых обществ и учреждений и так называемая россыпь — неразобранные книги и документы.
В августе отдел был соединен с отделом редких книг, в составе которого в течение всей войны трудились оставшиеся сотрудники отдела рукописей. На фронт ушел заведующий отделом Д. Ц. Шурыгин, заведующая читальным залом А. А. Ромодановская работала в подшефном госпитале.
В годы войны не прекращалось пополнение фондов отдела новыми материалами. В 1941–1943 годы из других отделов Библиотеки были получены многие документы, отставшие от больших родовых и вотчинных архивов. Многие рукописи были переданы в отдел разными учреждениями и отдельными лицами.
В 1942 году из Главного политуправления Военно-Морского Флота в отдел поступили творческие рукописи, дневники и переписка Дмитрия Андреевича Фурманова.
Родственники профессоров Московского университета — медиевиста Александра Николаевича Савина и известного деятеля в области женского образования Владимира Ивановича Герье передали Библиотеке их архивы.
Продолжалась и покупка рукописей. В 1941 году было куплено небольшое собрание русских и иностранных автографов, среди которых были письма Ивана Александровича Гончарова, Валерия Яковлевича Брюсова и других. В 1942–1943 годы был приобретен автограф Николая Алексеевича Некрасова — отрывок из поэмы «Рыцарь на час», письма Чехова, альбомы с автографами русских и иностранных писателей, художников и общественных деятелей XX века — Серафимовича, Сергеева-Ценского, Есенина, Маяковского, Репина, Барбюса, Верхарна, Келлермана и ряда других. Среди рукописных книг очень ценным приобретением был лицевой список XVII века «Космографии» Козьмы Индикоплова.
В середине июля 1944 года рукописные фонды были возвращены из эвакуации. Вся деятельность отдела сосредоточилась на их приёме и расстановке. Благодаря чёткой организации труда и энтузиазму сотрудников эта большая работа была закончена в относительно короткий срок — к концу 1944 года.
Отдел вновь начал работать самостоятельно. С конца 1944 года заведующим его был назначен кандидат исторических наук Петр Андреевич Зайончковский. 2 января 1945 года возобновил свою работу читальный зал отдела.